Changeset bd2278d for redseq.f


Ignore:
Timestamp:
09/05/08 11:49:42 (16 years ago)
Author:
baerbaer <baerbaer@…>
Branches:
master
Children:
fafe4d6
Parents:
2ebb8b6
Message:

Reformatting comments and continuation marks.

Fortran 90 and higher use ! to mark comments no matter where they are in the
code. The only valid continuation marker is &.
I also added the SMMP.kdevelop.filelist to the repository to make it easier
to use kdevelop.

git-svn-id: ​svn+ssh://svn.berlios.de/svnroot/repos/smmp/trunk@12 26dc1dd8-5c4e-0410-9ffe-d298b4865968

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • redseq.f

    r2ebb8b6 rbd2278d  
    1 c**************************************************************
    2 c
    3 c This file contains the subroutines: redseq
    4 c
    5 c Copyright 2003-2005  Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
    6 c                      Shura Hayryan, Chin-Ku
    7 c Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
    8 c                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
    9 c
    10 c **************************************************************
     1!**************************************************************
     2!
     3! This file contains the subroutines: redseq
     4!
     5! Copyright 2003-2005  Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
     6!                      Shura Hayryan, Chin-Ku
     7! Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
     8!                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
     9!
     10! **************************************************************
    1111
    1212
    1313      subroutine redseq
    1414
    15 c ............................................................
    16 c PURPOSE: read 'lunseq' 'seqfil', extract names of molecules,
    17 c          sequences
    18 c
    19 c Molecules are separated by lines containing char. '#',
    20 c           a name for the molecule may follow '#' on this line
    21 c Residue   names can be of 1-4 characters to be separated by ' '
    22 c
    23 c Returns: ntlml,nmml,irsml1,irsml2,seq
    24 c
    25 c CALLS:   ibegst,iendst,iopfil,tolost
    26 c ............................................................
     15! ............................................................
     16! PURPOSE: read 'lunseq' 'seqfil', extract names of molecules,
     17!          sequences
     18!
     19! Molecules are separated by lines containing char. '#',
     20!           a name for the molecule may follow '#' on this line
     21! Residue   names can be of 1-4 characters to be separated by ' '
     22!
     23! Returns: ntlml,nmml,irsml1,irsml2,seq
     24!
     25! CALLS:   ibegst,iendst,iopfil,tolost
     26! ............................................................
    2727
    2828      include 'INCL.H'
    … …  
    3333      if (iopfil(lunseq,seqfil,'old','formatted').le.izero) then
    3434        write (*,'(a,/,a,i3,2a)')
    35      #    ' redseq> ERROR opening sequence file:',
    36      #      ' LUN=',lunseq,' FILE=',seqfil(1:iendst(seqfil))
     35     &    ' redseq> ERROR opening sequence file:',
     36     &      ' LUN=',lunseq,' FILE=',seqfil(1:iendst(seqfil))
    3737        stop
    3838      endif
    3939
    40 c      ntlml=0
     40!      ntlml=0
    4141      if (ntlml.gt.0) then
    4242        nrs = irsml2(ntlml)
    … …  
    5656        if (ic.gt.0) then  ! found '#'
    5757
    58 c ____________________________________ new molecule
     58! ____________________________________ new molecule
    5959
    6060          if (ntlml.gt.0) then   ! check previous molecule
    … …  
    6464            if ((nrs-irsml1(ntlml)+1).eq.0) then
    6565              write(*,'(2a)') ' redseq> IGNORE molecule: ',
    66      #                        nmml(ntlml)(1:iendst(nmml(ntlml)))
     66     &                        nmml(ntlml)(1:iendst(nmml(ntlml)))
    6767              ntlml=ntlml-1
    6868            endif
    … …  
    7171          if (ntlml.gt.mxml) then
    7272            write(*,'(a,i4,2a)')' redseq> NUMBER of molecules > '
    73      #                          ,mxml,' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
     73     &                          ,mxml,' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
    7474            close(lunseq)
    7575            stop
    … …  
    8080
    8181          if (ic.le.lg) then
    82 c ___________________________________ extract name of molecule
     82! ___________________________________ extract name of molecule
    8383
    8484            hlin=blnk
    … …  
    9999        else  ! no '#'
    100100
    101 c _________________________________________ sequence
     101! _________________________________________ sequence
    102102
    103103          ib=ibegst(line)
    … …  
    110110
    111111          ie=iendst(line)
    112 c ___________________________________ extract names of residues
     112! ___________________________________ extract names of residues
    113113    2     id=index(line(ib:ie),blnk)-1   ! find next separator
    114114          if (id.gt.0) then
    … …  
    121121          if (id.gt.4) then
    122122            write (*,'(4a)') ' redseq> INVALID residue NAME >',
    123      #                       line(ib:ii),'< in ',
    124      #      seqfil(1:iendst(seqfil))
     123     &                       line(ib:ii),'< in ',
     124     &      seqfil(1:iendst(seqfil))
    125125            close(lunseq)
    126126            stop
    … …  
    130130            if (nrs.gt.mxrs) then
    131131              write(*,'(a,i4,2a)') ' redseq> NUMBER of residues > '
    132      #                       ,mxrs,' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
     132     &                       ,mxrs,' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
    133133              close(lunseq)
    134134              stop
    … …  
    155155
    156156    3 close(lunseq)
    157 c ___________________________________ output
     157! ___________________________________ output
    158158
    159159      if (nrs.eq.0) then
    160160        write (*,'(2a)') ' redseq> no residues found in ',
    161      #                   seqfil(1:iendst(seqfil))
     161     &                   seqfil(1:iendst(seqfil))
    162162        stop
    163163      else
    … …  
    176176            if ((nrs-ifirs+1).eq.0) then
    177177              write(*,'(2a)') ' redseq> IGNORE molecule '
    178      #                        ,nmml(ntlml)(1:iendst(nmml(ntlml)))
     178     &                        ,nmml(ntlml)(1:iendst(nmml(ntlml)))
    179179              ntlml=ntlml-1
    180180              if (ntlml.eq.0) then
    181181                write (*,'(2a)') ' redseq> no residues found in ',
    182      #          seqfil(1:iendst(seqfil))
     182     &          seqfil(1:iendst(seqfil))
    183183                stop
    184184              endif
    … …  
    188188          endif
    189189
    190 cc          write (*,'(/,a,i4,2a)') ' redseq> ',irsml2(i)-irsml1(i)+1,
    191 cc     #           ' residue(s) in molecule: ',
    192 cc     #           nmml(i)(1:iendst(nmml(i)))
    193 cc          write (*,'(15(1x,a))') (seq(j),j=irsml1(i),irsml2(i))
     190!          write (*,'(/,a,i4,2a)') ' redseq> ',irsml2(i)-irsml1(i)+1,
     191!     &           ' residue(s) in molecule: ',
     192!     &           nmml(i)(1:iendst(nmml(i)))
     193!          write (*,'(15(1x,a))') (seq(j),j=irsml1(i),irsml2(i))
    194194
    195195        enddo
    … …  
    197197      endif
    198198      return
    199 c _______________________________________________ error
     199! _______________________________________________ error
    200200
    201201    4 write (*,'(a,i4,2a)') ' redseq> ERROR reading line No. ',nln,
    202      #' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
     202     & ' in ',seqfil(1:iendst(seqfil))
    203203      close(lunseq)
    204204      stop
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.