Changeset bd2278d for init_energy.f


Ignore:
Timestamp:
09/05/08 11:49:42 (16 years ago)
Author:
baerbaer <baerbaer@…>
Branches:
master
Children:
fafe4d6
Parents:
2ebb8b6
Message:

Reformatting comments and continuation marks.

Fortran 90 and higher use ! to mark comments no matter where they are in the
code. The only valid continuation marker is &.
I also added the SMMP.kdevelop.filelist to the repository to make it easier
to use kdevelop.

git-svn-id: ​svn+ssh://svn.berlios.de/svnroot/repos/smmp/trunk@12 26dc1dd8-5c4e-0410-9ffe-d298b4865968

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • init_energy.f

    r2ebb8b6 rbd2278d  
    1 c **************************************************************
    2 c
    3 c This file contains the subroutines: init_energy,setpar
    4 C This file contains a BLOCK DATA statement
    5 c
    6 c Copyright 2003-2005  Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
    7 c                      Shura Hayryan, Chin-Ku
    8 c Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
    9 c                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
    10 c
    11 c **************************************************************
     1! **************************************************************
     2!
     3! This file contains the subroutines: init_energy,setpar
     4! This file contains a BLOCK DATA statement
     5!
     6! Copyright 2003-2005  Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
     7!                      Shura Hayryan, Chin-Ku
     8! Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
     9!                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
     10!
     11! **************************************************************
    1212
    1313
    1414      subroutine init_energy(libdir)
    1515
    16 c ----------------------------------------------
    17 c PURPOSE: initialize energy parameters
    18 c        0  => ECEPP2 or ECEPP3 depending on the value of sh2
    19 c        1  => FLEX
    20 c        2  => Lund force field
    21 c        3  => ECEPP with Abagyan corrections
    22 c
    23 c
    24 c CALLS:   setpar, tessel,iendst
    25 c
    26 c contains: BLOCK DATA
    27 c ----------------------------------------------
     16! ----------------------------------------------
     17! PURPOSE: initialize energy parameters
     18!        0  => ECEPP2 or ECEPP3 depending on the value of sh2
     19!        1  => FLEX
     20!        2  => Lund force field
     21!        3  => ECEPP with Abagyan corrections
     22!
     23!
     24! CALLS:   setpar, tessel,iendst
     25!
     26! contains: BLOCK DATA
     27! ----------------------------------------------
    2828
    2929      include 'INCL.H'
    … …  
    5959
    6060
    61 C----Initialize solvation part if necessary
     61!----Initialize solvation part if necessary
    6262      write (*,*) 'init_energy: itysol = ',itysol
    6363      write(*,*) 'init_energy: esol_scaling = ',isolscl
    … …  
    6969        ll=iendst(libdir)
    7070        tesfil = libdir(1:ll)//'tes.dat'
    71 
    7271        open(unit=20,file=tesfil,status='old',err=10)
    73 
    7472        call tessel()
    75 
    7673        close(20)
    7774
    … …  
    8582      endif
    8683
    87 c ___________________________ initialise COMMON 'con_r'
     84! ___________________________ initialise COMMON 'con_r'
    8885      idloa=ichar('a')
    8986      idloz=ichar('z')
    … …  
    9895      end
    9996
    100 c *********************
     97! *********************
    10198      subroutine setpar
    10299
    103 c __________________________________________________________
    104 c PURPOSE: initialize parameter set for empirical potentials
    105 c          depending on variable 'flex'
    106 c
    107 c CALLS:   None
    108 c __________________________________________________________
     100! __________________________________________________________
     101! PURPOSE: initialize parameter set for empirical potentials
     102!          depending on variable 'flex'
     103!
     104! CALLS:   None
     105! __________________________________________________________
    109106
    110107      include 'INCL.H'
    … …  
    116113      tesgrd = .false.  ! numerical check of analytical gradients
    117114
    118 c ______________________________________ Lennard-Jones parameters
     115! ______________________________________ Lennard-Jones parameters
    119116      if (flex) then
    120117
    … …  
    166163          ai=atpl(i)
    167164          aei=sqrt(ai/efel(i))
    168 cc          aic=ai/ehm             !!  ICM
    169 cc          do j=i,mxtyat          !!  -"-
     165!c          aic=ai/ehm             !!  ICM
     166!c          do j=i,mxtyat          !!  -"-
    170167          aic=ai*ehm                 !!  comment for ICM:
    171168          cij(i,i)=aic*ai/(aei+aei)  !!        -"-
    … …  
    175172          do j=i+1,mxtyat            !!
    176173            aj=atpl(j)
    177 c _______ Constant for 6-12 attractive term (Slater-Kirkwood formula)
     174! _______ Constant for 6-12 attractive term (Slater-Kirkwood formula)
    178175            c=aic*aj/(aei+sqrt(aj/efel(j)))
    179176            cij(i,j)=c
    180177            cij(j,i)=c
    181 c ____________________________ repulsive term (form. 3 & 6 of ref 2)
     178! ____________________________ repulsive term (form. 3 & 6 of ref 2)
    182179            rij=.5*(ri+rmin(j))
    183180            a=.5*c*rij**6
    … …  
    192189        enddo
    193190
    194 c +++++++++++++++++++++++++++++++++
     191! +++++++++++++++++++++++++++++++++
    195192        cij(1,1)=45.5d0
    196193        aij(1,1)=14090.0d0
    … …  
    229226        cij(18,18)=370.5d0
    230227        aij(18,18)=909000.0d0
    231 c +++++++++++++++++++++++++++++++++
     228! +++++++++++++++++++++++++++++++++
    232229        do i=1,mxtyat
    233230          a14(i,i)=.5*aij(i,i)
    234231        enddo
    235 c +++++++++++++++++++++++++++++++++
     232! +++++++++++++++++++++++++++++++++
    236233
    237234        do i=1,mxtyat
    238 c         write( *, '(18f14.6)' )  ( a14(i,j), j = 1, mxtyat )
     235!         write( *, '(18f14.6)' )  ( a14(i,j), j = 1, mxtyat )
    239236        enddo
    240237
    … …  
    254251
    255252      endif
    256 c -------------------------------------------- Hydrogen Bond Parameters
     253! -------------------------------------------- Hydrogen Bond Parameters
    257254      do i=1,mxtyat
    258255        do j=1,mxtyat
    … …  
    303300      return
    304301      end
    305 c **************
     302! **************
    306303      BLOCK DATA
    307304
    308305      include 'INCL.H'
    309306
    310 c  Atom types ------------------------------------------------------------
    311 c                                    Original types  -Scheraga:  -Flex:
    312 c  H  1 - with aliphatic carbon                               1      12
    313 c     2 - with aromatic carbon                                3      13
    314 c     3 - with non-sp3 types of nitrogen                      2       1
    315 c     4 - with sp3-hybr. nitrogen                             2       2
    316 c     5 - with oxygen                                         4       1
    317 c     6 - with sulfur                                         3(was 5)1
    318 c  C  7 - sp3-hybr. carbon                                    6,9     3
    319 c     8 - sp2-carbon (carbonyl,carboxyl,carboxylate)          7,11    4
    320 c     9 - aromatic carbon                                     8,10    4
    321 c  O 10 - hydroxyl, ester oxygen (inc. water)                 18,19   8
    322 c    11 - carbonyl oxygen                                     17      9
    323 c    12 - carboxylate oxygen                                  18,19  10
    324 c  N 13 - aliph. nitrogen with 0/1 hydrogen & charged N       13-15   6
    325 c    14 - nitrogen with two hydrogens                         13-15   5
    326 c    15 - all other nitrogens (+ sp2-hybrid. in heteroc.)     13-15   7
    327 c  S 16 - any sulfur                                          20,21  18,19
    328 c  H 17 - H-delta of Pro, Hyp of ECEPP/3 dataset               5(new) -
    329 c  C 18 - C-delta of Pro, Hyp of ECEPP/3 dataset              12(new) -
    330 
    331 c  Classes for torsional potential ---------------------------------------
    332 c
    333 c   1 : 'Omega' = C'(pept.)-N(pept.)  [Cpept-Npept]
    334 c   2 : 'Phi'   = N(pept.)-C(sp3)     [C4-Npept]
    335 c   3 : 'Psi'   = C(sp3)-C'(pept.)    [C4-Cpept]
    336 c   4 : 'Chi1'  = C(sp3)-C(sp3)       [C4-C4]
    337 c   5 : C(sp3)-OH (Hydroxyl)          [C4-OH]
    338 c   6 : C(sp3)-NH2                    [C4-NH2]
    339 c   7 : C(sp3)-NH3+                   [C4-NH3+]
    340 c   8 : C(sp3)-NH-(guanidyl)          [C4-NHX]
    341 c   9 : C(sp3)-COOH(carboxyl)         [C4-COO]
    342 c  10 : C(sp3)-COO-(carboxylate)      [C4-COO]
    343 c  11 : C(sp3)-CO(sp2 of amide)       [C4-Cpept]
    344 c  12 : C(sp3)-C(aromatic ring)       [C4-C3]
    345 c  13 : C(sp3)-S                      [C4-SC4]
    346 c  14 : C(sp3)-SH                     [C4-SH]
    347 c  15 : C(aromatic ring)-OH           [C3-OH]
    348 c ________________________________________________ "rigid" torsions:
    349 c  16 : C(carboxyl)-OH                [C3-OH]
    350 c  17 : -NH-C(sp2 of guanidyl)        [C3-NHX]
    351 c  18 : -C(sp3)-NH2 (guanidyl)        [not in Flex]
    352 c  19 : -C(sp3)-NH2 (amide)           [Cpept-Npept]
     307!  Atom types ------------------------------------------------------------
     308!                                    Original types  -Scheraga:  -Flex:
     309!  H  1 - with aliphatic carbon                               1      12
     310!     2 - with aromatic carbon                                3      13
     311!     3 - with non-sp3 types of nitrogen                      2       1
     312!     4 - with sp3-hybr. nitrogen                             2       2
     313!     5 - with oxygen                                         4       1
     314!     6 - with sulfur                                         3(was 5)1
     315!  C  7 - sp3-hybr. carbon                                    6,9     3
     316!     8 - sp2-carbon (carbonyl,carboxyl,carboxylate)          7,11    4
     317!     9 - aromatic carbon                                     8,10    4
     318!  O 10 - hydroxyl, ester oxygen (inc. water)                 18,19   8
     319!    11 - carbonyl oxygen                                     17      9
     320!    12 - carboxylate oxygen                                  18,19  10
     321!  N 13 - aliph. nitrogen with 0/1 hydrogen & charged N       13-15   6
     322!    14 - nitrogen with two hydrogens                         13-15   5
     323!    15 - all other nitrogens (+ sp2-hybrid. in heteroc.)     13-15   7
     324!  S 16 - any sulfur                                          20,21  18,19
     325!  H 17 - H-delta of Pro, Hyp of ECEPP/3 dataset               5(new) -
     326!  C 18 - C-delta of Pro, Hyp of ECEPP/3 dataset              12(new) -
     327
     328!  Classes for torsional potential ---------------------------------------
     329!
     330!   1 : 'Omega' = C'(pept.)-N(pept.)  [Cpept-Npept]
     331!   2 : 'Phi'   = N(pept.)-C(sp3)     [C4-Npept]
     332!   3 : 'Psi'   = C(sp3)-C'(pept.)    [C4-Cpept]
     333!   4 : 'Chi1'  = C(sp3)-C(sp3)       [C4-C4]
     334!   5 : C(sp3)-OH (Hydroxyl)          [C4-OH]
     335!   6 : C(sp3)-NH2                    [C4-NH2]
     336!   7 : C(sp3)-NH3+                   [C4-NH3+]
     337!   8 : C(sp3)-NH-(guanidyl)          [C4-NHX]
     338!   9 : C(sp3)-COOH(carboxyl)         [C4-COO]
     339!  10 : C(sp3)-COO-(carboxylate)      [C4-COO]
     340!  11 : C(sp3)-CO(sp2 of amide)       [C4-Cpept]
     341!  12 : C(sp3)-C(aromatic ring)       [C4-C3]
     342!  13 : C(sp3)-S                      [C4-SC4]
     343!  14 : C(sp3)-SH                     [C4-SH]
     344!  15 : C(aromatic ring)-OH           [C3-OH]
     345! ________________________________________________ "rigid" torsions:
     346!  16 : C(carboxyl)-OH                [C3-OH]
     347!  17 : -NH-C(sp2 of guanidyl)        [C3-NHX]
     348!  18 : -C(sp3)-NH2 (guanidyl)        [not in Flex]
     349!  19 : -C(sp3)-NH2 (amide)           [Cpept-Npept]
    353350
    354351      data conv/332.d0/  ! to convert electrost. energy into [kcal/mole]
    355352
    356 c ------------------------- ECEPP/3 potential --------------------------------
    357 c 1) Momany F.A McGuire R.F Burgess A.W Scheraga H.A J Phys Chem v79 2361-2381
    358 c    1975
    359 c 2) Nemethy G Pottle M.S Scheraga H.A, J Phys Chem v87 1883-1887 1983
    360 c 3) Sippl M.J Nemethy G Scheraga H.A J Phys Chem v88 6231-6233 1984
    361 c 4) Nemethy G Gibson K.D Palmer K.A Yoon C.N Paterlini G Zagari A Rumsey S
    362 c    Scheraga H.A J Phys Chem v96 6472-6484 1992
    363 c ----------------------------------------------------------------------------
     353! ------------------------- ECEPP/3 potential --------------------------------
     354! 1) Momany F.A McGuire R.F Burgess A.W Scheraga H.A J Phys Chem v79 2361-2381
     355!    1975
     356! 2) Nemethy G Pottle M.S Scheraga H.A, J Phys Chem v87 1883-1887 1983
     357! 3) Sippl M.J Nemethy G Scheraga H.A J Phys Chem v88 6231-6233 1984
     358! 4) Nemethy G Gibson K.D Palmer K.A Yoon C.N Paterlini G Zagari A Rumsey S
     359!    Scheraga H.A J Phys Chem v96 6472-6484 1992
     360! ----------------------------------------------------------------------------
    364361
    365362      data eps_s/2.d0/  ! Distance-INdependent diel. constant
    366 c     data eps_s/6.d0/  ! Distance-INdependent diel. constant
     363!     data eps_s/6.d0/  ! Distance-INdependent diel. constant
    367364      data plt/78.d0/,  slp/0.3d0/   ! Parameters for Epsilon(R)
    368365
    369366      data ehm /362.55d0/  !  Angstrom**2/3 * kcal / mol  ! from KONF90
    370 cc      data ehm /362.09561409d0/  !  Angstrom**2/3 * kcal / mol
    371 c From:
    372 c   1.5
    373 c * elementary charge       = 4.80325   *e+2  Angstrom**3/2 * g**1/2 * s**(-1)
    374 c * Planck's constant/2*Pi  = 1.0545887 *e-34 Joule * s
    375 c * Avogadro's number       = 6.022045  *e+23 mol**(-1)
    376 c / sqrt (mass of electron) = sqrt (9.109534  *e-28 g )
    377 c / thermal equivalent      = 4.1868    *e+3  Joule * kcal**(-1)
    378 cc      data ehm /362.36d0/         ! calculated using Tab II in ref. 2
    379 cc      data 1/ehm /2.757670d-3/    ! 3*sqrt(m)/(2*e*h) taken from ICM
    380 
    381 c ---------------------- atomic polarizabilties (*100,[Angstrom**3])
    382 c                1   2   3   4   5   6   7    8    9  10  11  12
     367!      data ehm /362.09561409d0/  !  Angstrom**2/3 * kcal / mol
     368! From:
     369!   1.5
     370! * elementary charge       = 4.80325   *e+2  Angstrom**3/2 * g**1/2 * s**(-1)
     371! * Planck's constant/2*Pi  = 1.0545887 *e-34 Joule * s
     372! * Avogadro's number       = 6.022045  *e+23 mol**(-1)
     373! / sqrt (mass of electron) = sqrt (9.109534  *e-28 g )
     374! / thermal equivalent      = 4.1868    *e+3  Joule * kcal**(-1)
     375!      data ehm /362.36d0/         ! calculated using Tab II in ref. 2
     376!      data 1/ehm /2.757670d-3/    ! 3*sqrt(m)/(2*e*h) taken from ICM
     377
     378! ---------------------- atomic polarizabilties (*100,[Angstrom**3])
     379!                1   2   3   4   5   6   7    8    9  10  11  12
    383380      data atpl/42.,42.,42.,42.,42.,42.,93.,151.,115.,59.,84.,59.,
    384 c               13  14  15   16  17  18
    385      #          93.,93.,93.,220.,42.,93./
    386 c ---------------------- effective numbers of electrons (*100,ref. 2)
    387 c                1   2   3   4   5   6    7    8    9   10   11   12
     381!               13  14  15   16  17  18
     382     &          93.,93.,93.,220.,42.,93./
     383! ---------------------- effective numbers of electrons (*100,ref. 2)
     384!                1   2   3   4   5   6    7    8    9   10   11   12
    388385      data efel/85.,85.,85.,85.,85.,85.,520.,520.,520.,700.,700.,700.,
    389 c                13   14   15    16  17   18
    390      #          610.,610.,610.,1480.,85.,520./
    391 c ------------------------- min. pairwise 6-12 energy (*1000,[kcal/mol])
    392 c                1   2   3   4   5   6   7    8   9  10   11  12
     386!                13   14   15    16  17   18
     387     &          610.,610.,610.,1480.,85.,520./
     388! ------------------------- min. pairwise 6-12 energy (*1000,[kcal/mol])
     389!                1   2   3   4   5   6   7    8   9  10   11  12
    393390      data emin/37.,36.,61.,61.,44.,36.,38.,140.,99.,94.,200.,94.,
    394 c                13   14   15   16  17  18
    395      #          107.,107.,107.,223.,99.,38./
    396 c ---------------------------- opt. pairwise distance (*100,[Angstrom])
    397 c                 1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11
     391!                13   14   15   16  17  18
     392     &          107.,107.,107.,223.,99.,38./
     393! ---------------------------- opt. pairwise distance (*100,[Angstrom])
     394!                 1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11
    398395      data rmin/292.,293.,268.,268.,283.,293.,412.,374.,370.,324.,312.,
    399 c                12   13   14   15   16   17   18
    400      #          324.,351.,351.,351.,415.,248.,412./
    401 c ---------------------------------------------- Hydrogen-bond donors
    402 c                  1       2       3      4      5      6
     396!                12   13   14   15   16   17   18
     397     &          324.,351.,351.,351.,415.,248.,412./
     398! ---------------------------------------------- Hydrogen-bond donors
     399!                  1       2       3      4      5      6
    403400      data do_s/.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,.false.,
    404 c                  7       8       9      10      11      12
    405      #          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
    406 c                 13      14      15      16      17      18
    407      #          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false./
    408 c -------------------------------------------- Hydrogen-bond acceptors
    409 c                  1       2       3       4       5       6
     401!                  7       8       9      10      11      12
     402     &          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
     403!                 13      14      15      16      17      18
     404     &          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false./
     405! -------------------------------------------- Hydrogen-bond acceptors
     406!                  1       2       3       4       5       6
    410407      data ac_s/.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
    411 c                  7       8       9      10     11     12
    412      #          .false.,.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,
    413 c                 13     14     15     16      17      18
    414      #          .true.,.true.,.true.,.false.,.false.,.false./
    415 cc     #        .false.,.true.,.true.,.false.,.false.,.false./ !! ICM
    416 c --------------------------------- HB-parameters (/1000,attraction)
     408!                  7       8       9      10     11     12
     409     &          .false.,.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,
     410!                 13     14     15     16      17      18
     411     &          .true.,.true.,.true.,.false.,.false.,.false./
     412!     &        .false.,.true.,.true.,.false.,.false.,.false./ !! ICM
     413! --------------------------------- HB-parameters (/1000,attraction)
    417414      data chb_s/2624.,2624.,4610.,.0,  ! given as:
    418      #           4014.,4014.,5783.,.0,  !  (ac_typ x do_typ)
    419      #           2624.,2624.,4610.,.0,  ! to be used:
    420      #           8244.,8244.,8244.,.0,  !  (DO_typ x AC_typ)
    421      #           8244.,8244.,8244.,.0,  ! i.e.:
    422      #           8244.,8244.,8244.,.0/  !  ( 3-5 x 10-15 )
    423 c --------------------------------- HB-parameters (/1000,repulsion)
     415     &           4014.,4014.,5783.,.0,  !  (ac_typ x do_typ)
     416     &           2624.,2624.,4610.,.0,  ! to be used:
     417     &           8244.,8244.,8244.,.0,  !  (DO_typ x AC_typ)
     418     &           8244.,8244.,8244.,.0,  ! i.e.:
     419     &           8244.,8244.,8244.,.0/  !  ( 3-5 x 10-15 )
     420! --------------------------------- HB-parameters (/1000,repulsion)
    424421      data ahb_s/ 5890., 5890.,11220.,.0,
    425      #           12040.,12040.,16583.,.0,  ! 13344 -> 16583 = Ref. 3
    426      #            5890., 5890.,11220.,.0,
    427      #           32897.,32897.,32897.,.0,
    428      #           32897.,32897.,32897.,.0,
    429      #           32897.,32897.,32897.,.0/
    430 
    431 c                   1  2  3   4   5   6   7  8  9 10 11 12 13  14  15
     422     &           12040.,12040.,16583.,.0,  ! 13344 -> 16583 = Ref. 3
     423     &            5890., 5890.,11220.,.0,
     424     &           32897.,32897.,32897.,.0,
     425     &           32897.,32897.,32897.,.0,
     426     &           32897.,32897.,32897.,.0/
     427
     428!                   1  2  3   4   5   6   7  8  9 10 11 12 13  14  15
    432429      data e0to_s /20.,0.,0.,2.7,.6,1.8,1.8,0.,0.,0.,0.,0.,2.,1.5,3.5
    433 c                   16 17  18  19
    434      #             ,8.,18.,20.,15./
     430!                   16 17  18  19
     431     &             ,8.,18.,20.,15./
    435432      data sgto_s /-1.,0.,0., 1.,1., 1., 1.,0.,0.,0.,0.,0.,1., 1.,-1.
    436      #            ,-1.,-1.,-1.,-1./
     433     &            ,-1.,-1.,-1.,-1./
    437434      data rnto_s / 2.,0.,0., 3.,3., 3., 3.,0.,0.,0.,0.,0.,3., 3., 2.
    438      #             ,2., 2., 2., 2./
    439 
    440 c ---------------------------- Flex potential ----------------------------------
    441 c Lavery R Sklenar H Zakrzewska K Pullman B J Biomol Struct Dyn v3 989-1014 1986
    442 c VdW-parameters from: Zhurkin V.B Poltiev V.I Florent'ev V.L Molekulyarnaya
    443 c                      Biologiya v14 116 1980
    444 c ------------------------------------------------------------------------------
     435     &             ,2., 2., 2., 2./
     436
     437! ---------------------------- Flex potential ----------------------------------
     438! Lavery R Sklenar H Zakrzewska K Pullman B J Biomol Struct Dyn v3 989-1014 1986
     439! VdW-parameters from: Zhurkin V.B Poltiev V.I Florent'ev V.L Molekulyarnaya
     440!                      Biologiya v14 116 1980
     441! ------------------------------------------------------------------------------
    445442
    446443      data plt_f/78.d0/,  slp_f/0.16d0/   ! Parameters for Epsilon(R)
    447444      data cohb_f/6.d0/  ! Cut-off distance betw. H- & acceptor atom for HB
    448445      data c_f/  ! ----------- Lennard-Jones C6-parameters (attraction)
    449      #40.,40.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,126.,105.,
    450      #146.,213.1,3*0.,40.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,
    451      #126.,105.,146.,213.1,4*0.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,
    452      #105.,126.,105.,146.,213.1,5*0.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.
    453      #,105.,126.,105.,146.,213.1,6*0.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,
    454      #105.,126.,105.,146.,213.1,7*0.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,
    455      #126.,105.,146.,213.1,8*0.,250.,316.,316.,217.,305.,264.,316.,264.,
    456      #367.,489.,9*0.,400.,400.,274.,385.,334.,400.,334.,464.,537.4,10*0.
    457      #,400.,274.,385.,334.,400.,334.,464.,537.4,11*0.,200.,283.,245.,
    458      #278.,233.,330.,424.,12*0.,400.,347.,391.,327.,465.,583.,13*0.,300.
    459      #,339.,284.,403.,530.,14*0.,400.,334.,467.,556.5,15*0.,280.,391.,
    460      #484.,16*0.,550.,673.4,17*0.,246.,38*0./
     446     &40.,40.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,126.,105.,
     447     &146.,213.1,3*0.,40.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,
     448     &126.,105.,146.,213.1,4*0.,40.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,
     449     &105.,126.,105.,146.,213.1,5*0.,40.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.
     450     &,105.,126.,105.,146.,213.1,6*0.,40.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,
     451     &105.,126.,105.,146.,213.1,7*0.,40.,100.,126.,126.,86.,121.,105.,
     452     &126.,105.,146.,213.1,8*0.,250.,316.,316.,217.,305.,264.,316.,264.,
     453     &367.,489.,9*0.,400.,400.,274.,385.,334.,400.,334.,464.,537.4,10*0.
     454     &,400.,274.,385.,334.,400.,334.,464.,537.4,11*0.,200.,283.,245.,
     455     &278.,233.,330.,424.,12*0.,400.,347.,391.,327.,465.,583.,13*0.,300.
     456     &,339.,284.,403.,530.,14*0.,400.,334.,467.,556.5,15*0.,280.,391.,
     457     &484.,16*0.,550.,673.4,17*0.,246.,38*0./
    461458      data a_f/  ! ---- Lennard-Jones A12-parameters (/1000,repulsion)
    462      #7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,81.6,81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,
    463      #62.,78.3,189.3,3*0.,7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,61.7,61.7,31.3,
    464      #17.8,15.4,53.7,62.,58.7,189.3,4*0.,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,81.6,
    465      #81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,5*0.,7.74,7.74,7.74,70.6,
    466      #61.7,61.7,31.3,17.8,15.4,53.7,62.,58.7,189.3,6*0.,7.74,7.74,70.6,
    467      #81.6,81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,7*0.,7.74,70.6,81.6,
    468      #81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,8*0.,512.,601.,601.,256.,
    469      #349.,302.,538.,464.,598.,1196.,9*0.,704.,704.,298.,406.,351.,630.,
    470      #544.,699.,1203.5,10*0.,704.,298.,406.,351.,630.,544.,699.,1203.5,
    471      #11*0.,129.,176.,153.,269.,233.,303.,561.8,12*0.,240.,208.,366.,
    472      #317.,413.,772.5,13*0.,180.,317.,274.,358.,702.3,14*0.,565.,488.,
    473      #629.,1105.8,15*0.,421.,544.,976.8,16*0.,705.,1259.5,17*0.,503.3,
    474      #38*0./
    475 c ---------------------------------------------- Hydrogen-bond donors
    476 c                  1       2       3      4      5      6
     459     &7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,81.6,81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,
     460     &62.,78.3,189.3,3*0.,7.74,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,61.7,61.7,31.3,
     461     &17.8,15.4,53.7,62.,58.7,189.3,4*0.,7.74,7.74,7.74,7.74,70.6,81.6,
     462     &81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,5*0.,7.74,7.74,7.74,70.6,
     463     &61.7,61.7,31.3,17.8,15.4,53.7,62.,58.7,189.3,6*0.,7.74,7.74,70.6,
     464     &81.6,81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,7*0.,7.74,70.6,81.6,
     465     &81.6,31.3,42.2,36.6,71.4,62.,78.3,189.3,8*0.,512.,601.,601.,256.,
     466     &349.,302.,538.,464.,598.,1196.,9*0.,704.,704.,298.,406.,351.,630.,
     467     &544.,699.,1203.5,10*0.,704.,298.,406.,351.,630.,544.,699.,1203.5,
     468     &11*0.,129.,176.,153.,269.,233.,303.,561.8,12*0.,240.,208.,366.,
     469     &317.,413.,772.5,13*0.,180.,317.,274.,358.,702.3,14*0.,565.,488.,
     470     &629.,1105.8,15*0.,421.,544.,976.8,16*0.,705.,1259.5,17*0.,503.3,
     471     &38*0./
     472! ---------------------------------------------- Hydrogen-bond donors
     473!                  1       2       3      4      5      6
    477474      data do_f/.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,.true.,
    478 c                  7       8       9      10      11      12
    479      #          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
    480 c                 13      14      15      16      17      18
    481      #          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false./
    482 c -------------------------------------------- Hydrogen-bond acceptors
    483 c                  1       2       3       4       5       6
     475!                  7       8       9      10      11      12
     476     &          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
     477!                 13      14      15      16      17      18
     478     &          .false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false./
     479! -------------------------------------------- Hydrogen-bond acceptors
     480!                  1       2       3       4       5       6
    484481      data ac_f/.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,.false.,
    485 c                  7       8       9      10     11     12
    486      #          .false.,.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,
    487 c                 13      14      15     16     17      18
    488      #          .false.,.false.,.true.,.true.,.false.,.false./
    489 c --------------------------------- HB-parameters (/1000,attraction)
     482!                  7       8       9      10     11     12
     483     &          .false.,.false.,.false.,.true.,.true.,.true.,
     484!                 13      14      15     16     17      18
     485     &          .false.,.false.,.true.,.true.,.false.,.false./
     486! --------------------------------- HB-parameters (/1000,attraction)
    490487      data chb_f/180.,180.,160. ,226.8,  ! given as  (ac_typ x do_typ)
    491      #           175.,175.,150. ,305.8,  ! to be used as:
    492      #           100.,100., 85. , 85. ,  !   (Do_typ x Ac_typ)
    493      #           165.,165.,150. ,305.8,  ! i.e.:
    494      #           720.,720.,643.1,845.6,  !   ( 3-6 x 10-12,15,16 )
    495      #             0.,  0.,  0. ,  0. /
    496 c --------------------------------- HB-parameters (/1000,repulsion)
     488     &           175.,175.,150. ,305.8,  ! to be used as:
     489     &           100.,100., 85. , 85. ,  !   (Do_typ x Ac_typ)
     490     &           165.,165.,150. ,305.8,  ! i.e.:
     491     &           720.,720.,643.1,845.6,  !   ( 3-6 x 10-12,15,16 )
     492     &             0.,  0.,  0. ,  0. /
     493! --------------------------------- HB-parameters (/1000,repulsion)
    497494      data ahb_f/  6600.,  6600.,  6200., 12855.,
    498      #             6400.,  6400.,  7100., 29216.,
    499      #             2400.,  2400.,  2400.,  2000.,
    500      #             6200.,  6200.,  7100., 29216.,
    501      #           185000.,185000.,172301.,308235.,
    502      #                0.,      0.,    0.,     0./
    503 
    504 c                   1  2   3   4  5   6   7  8   9 10 11  12  13 14  15
     495     &             6400.,  6400.,  7100., 29216.,
     496     &             2400.,  2400.,  2400.,  2000.,
     497     &             6200.,  6200.,  7100., 29216.,
     498     &           185000.,185000.,172301.,308235.,
     499     &                0.,      0.,    0.,     0./
     500
     501!                   1  2   3   4  5   6   7  8   9 10 11  12  13 14  15
    505502      data e0to_f /20.,2.,.8,2.6,.6,2.1,1.8,3.2,.5,.5,.8,1.2,1.3,1.,6.2
    506 c                  16  17 18 19
    507      #           ,6.2, 8.,0.,20./
     503!                  16  17 18 19
     504     &           ,6.2, 8.,0.,20./
    508505      data sgto_f /-1.,1.,-1., 1.,1., 1., 1.,1.,1.,1.,-1.,1., 1.,1.,-1.
    509      #           ,-1.,-1.,0.,-1./
     506     &           ,-1.,-1.,0.,-1./
    510507      data rnto_f / 2.,3., 3., 3.,3., 6., 3.,3.,6.,6., 3.,6., 3.,3., 2.
    511      #            ,2., 2.,0.,2./
     508     &            ,2., 2.,0.,2./
    512509
    513510      data (rsnmcd(i),i=1,nrsty)/  ! Names for all amino acid residue types
    514      # 'ala ','arg ','arg+','asn ','asp ','asp-','cys ','cyss','gln ',
    515      # 'glu ','glu-','gly ','his ','hise','hisd','his+','hyp ','hypu',
    516      # 'ile ','leu ','lys ','lys+','met ','phe ','cpro','pro ','cpru',
    517      # 'prou','pron','pro+','ser ','thr ','trp ','tyr ','val ' /
     511     & 'ala ','arg ','arg+','asn ','asp ','asp-','cys ','cyss','gln ',
     512     & 'glu ','glu-','gly ','his ','hise','hisd','his+','hyp ','hypu',
     513     & 'ile ','leu ','lys ','lys+','met ','phe ','cpro','pro ','cpru',
     514     & 'prou','pron','pro+','ser ','thr ','trp ','tyr ','val ' /
    518515 
    519516      data (onltcd(i),i=1,nrsty)/  ! One-letter codes for amino acid types
    520      # 'A',   'R',   'R',   'N',   'D',   'D',   'C',   'C',   'Q',
    521      # 'E',   'E',   'G',   'H',   'H',   'H',   'H',   'P',   'P',
    522      # 'I',   'L',   'K',   'K',   'M',   'F',   'P',   'P',   'P',
    523      # 'P',   'P',   'P',   'S',   'T',   'W',   'Y',   'V' /
    524 
    525 c     The vdW radii (in Angstr.) for the atomic groups and
    526 c      coefficients for their solvation free energy (kcal/molxA**2)
    527 
    528 c  Method:
    529 
    530 c  itysol=1 : OONS --> T.Ooi, et al,
    531 c                      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 8 (1987) 3086-3090.
    532 C  itysol=2 : JRF  --> J.Vila, et al,
    533 c                      PROTEINS: Struct Funct Genet 10(1991) 199-218.
    534 C  itysol=3 : WE92 --> L.Wesson, D.Eisenberg,
    535 c                      Protein Science 1 (1992) 227-235.
    536 C  itysol=4 : SCH1 --> D.Eisenberg, et al,
    537 c                      Chem Scrip 29A (1989) 217-221.
    538 C  itysol=5 : SCH2 --> A.H.Juffer, et al,
    539 c                      Proteine Science 4 (1995) 2499-2509.
    540 C  itysol=6 : SCH3 --> L.Wesson, D.Eisenberg,
    541 c                      Protein Science 1 (1992) 227-235.
    542 C  itysol=7 : SCH4 --> C.A. Schiffer, et al,
    543 c                      Mol. Simul. 10(1993) 121-149.
    544 C  itysol=8 : EM86 --> D.Eisenberg, A.D. Mclachlan,
    545 c                      Nature 319 (1986) 199-203.
    546 C  itysol=9 : BM   --> B. Freyberg, et al,
    547 c                      J. Mol. Biol. 233 (1993) 275-292.
    548 
    549 c ATOM
    550 c TYPE OONS    JRF     WE92    SCH1    SCH2    SCH3    SCH4   EM86   BM
    551 
    552 c 1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    553 c 2   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    554 c 3   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    555 c 4   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    556 c 5   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    557 c 6   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    558 c 7   0.0080  0.2160  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
    559 c 8   0.4270 -0.7320  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
    560 c 9  -0.0080 -0.6780  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
    561 c10  -0.1720 -0.9100 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
    562 c11  -0.0380 -0.2620 -0.1750 -0.0090 -0.0070 -0.1660 -0.2800 -0.006 0.000
    563 c12  -0.0380 -0.9100 -0.1750 -0.0370 -0.1120 -0.1660 -0.2800 -0.024 0.000
    564 c13  -0.1320 -0.3120 -0.1860 -0.0380 -0.0870 -0.1690 -0.2175 -0.05  0.000
    565 c14  -0.1320 -0.3120 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
    566 c15  -0.1320 -0.3120 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
    567 c16  -0.0210 -0.2810 -0.0180  0.0050 -0.0036 -0.0170 -0.0090  0.021 0.000
    568 c17   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
    569 c18   0.0080  0.2160  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
     517     & 'A',   'R',   'R',   'N',   'D',   'D',   'C',   'C',   'Q',
     518     & 'E',   'E',   'G',   'H',   'H',   'H',   'H',   'P',   'P',
     519     & 'I',   'L',   'K',   'K',   'M',   'F',   'P',   'P',   'P',
     520     & 'P',   'P',   'P',   'S',   'T',   'W',   'Y',   'V' /
     521
     522!     The vdW radii (in Angstr.) for the atomic groups and
     523!      coefficients for their solvation free energy (kcal/molxA**2)
     524
     525!  Method:
     526
     527!  itysol=1 : OONS --> T.Ooi, et al,
     528!                      Proc. Natl. Acad. Sci. USA 8 (1987) 3086-3090.
     529!  itysol=2 : JRF  --> J.Vila, et al,
     530!                      PROTEINS: Struct Funct Genet 10(1991) 199-218.
     531!  itysol=3 : WE92 --> L.Wesson, D.Eisenberg,
     532!                      Protein Science 1 (1992) 227-235.
     533!  itysol=4 : SCH1 --> D.Eisenberg, et al,
     534!                      Chem Scrip 29A (1989) 217-221.
     535!  itysol=5 : SCH2 --> A.H.Juffer, et al,
     536!                      Proteine Science 4 (1995) 2499-2509.
     537!  itysol=6 : SCH3 --> L.Wesson, D.Eisenberg,
     538!                      Protein Science 1 (1992) 227-235.
     539!  itysol=7 : SCH4 --> C.A. Schiffer, et al,
     540!                      Mol. Simul. 10(1993) 121-149.
     541!  itysol=8 : EM86 --> D.Eisenberg, A.D. Mclachlan,
     542!                      Nature 319 (1986) 199-203.
     543!  itysol=9 : BM   --> B. Freyberg, et al,
     544!                      J. Mol. Biol. 233 (1993) 275-292.
     545
     546! ATOM
     547! TYPE OONS    JRF     WE92    SCH1    SCH2    SCH3    SCH4   EM86   BM
     548
     549! 1   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     550! 2   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     551! 3   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     552! 4   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     553! 5   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     554! 6   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     555! 7   0.0080  0.2160  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
     556! 8   0.4270 -0.7320  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
     557! 9  -0.0080 -0.6780  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
     558!10  -0.1720 -0.9100 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
     559!11  -0.0380 -0.2620 -0.1750 -0.0090 -0.0070 -0.1660 -0.2800 -0.006 0.000
     560!12  -0.0380 -0.9100 -0.1750 -0.0370 -0.1120 -0.1660 -0.2800 -0.024 0.000
     561!13  -0.1320 -0.3120 -0.1860 -0.0380 -0.0870 -0.1690 -0.2175 -0.05  0.000
     562!14  -0.1320 -0.3120 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
     563!15  -0.1320 -0.3120 -0.1160 -0.0090 -0.0070 -0.1130 -0.0175 -0.006 0.000
     564!16  -0.0210 -0.2810 -0.0180  0.0050 -0.0036 -0.0170 -0.0090  0.021 0.000
     565!17   0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.0000  0.000 0.000
     566!18   0.0080  0.2160  0.0120  0.0180  0.0130  0.0040  0.0325  0.016 1.000
    570567
    571568       data coef_sl/54*0.0,
    572      # 0.008, 0.216, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
    573      # 0.427,-0.732, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
    574      # -.008,-0.678, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
    575      # -.172,-0.910,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
    576      # -.038,-0.262,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
    577      # -.038,-0.910,-0.175,-0.037,-0.112,-0.166,-0.2800,-0.024,0.000,
    578      # -.132,-0.312,-0.186,-0.038,-0.087,-0.169,-0.2175,-0.05, 0.000,
    579      # -.132,-0.312,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
    580      # -.132,-0.312,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
    581      # -.021,-0.281,-0.018, 0.005,-.0036,-0.017,-0.0090, 0.021,0.000,
    582      #  9*0.0,
    583      # 0.008, 0.216, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000/
     569     & 0.008, 0.216, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
     570     & 0.427,-0.732, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
     571     & -.008,-0.678, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000,
     572     & -.172,-0.910,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
     573     & -.038,-0.262,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
     574     & -.038,-0.910,-0.175,-0.037,-0.112,-0.166,-0.2800,-0.024,0.000,
     575     & -.132,-0.312,-0.186,-0.038,-0.087,-0.169,-0.2175,-0.05, 0.000,
     576     & -.132,-0.312,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
     577     & -.132,-0.312,-0.116,-0.009,-0.007,-0.113,-0.0175,-0.006,0.000,
     578     & -.021,-0.281,-0.018, 0.005,-.0036,-0.017,-0.0090, 0.021,0.000,
     579     &  9*0.0,
     580     & 0.008, 0.216, 0.012, 0.018, 0.013, 0.004, 0.0325, 0.016,1.000/
    584581
    585582       data rad_vdw/54*0.,
    586      #              2*2.0,6*1.9,2.0,
    587      #              2*1.55,6*1.9,1.5,
    588      #              2*1.75,6*1.9,1.85,
    589      #              9*1.4,
    590      #              9*1.4,
    591      #              9*1.4,
    592      #              2*1.55,6*1.7,1.5,
    593      #              2*1.55,6*1.7,1.5,
    594      #              2*1.55,6*1.7,1.5,
    595      #              2*2.0,6*1.8,1.85,
    596      #              9*0.,
    597      #              2*2.0,6*1.9,2.0/
     583     &              2*2.0,6*1.9,2.0,
     584     &              2*1.55,6*1.9,1.5,
     585     &              2*1.75,6*1.9,1.85,
     586     &              9*1.4,
     587     &              9*1.4,
     588     &              9*1.4,
     589     &              2*1.55,6*1.7,1.5,
     590     &              2*1.55,6*1.7,1.5,
     591     &              2*1.55,6*1.7,1.5,
     592     &              2*2.0,6*1.8,1.85,
     593     &              9*0.,
     594     &              2*2.0,6*1.9,2.0/
    598595
    599596      end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.