Changeset bd2278d for eyabgn.f


Ignore:
Timestamp:
09/05/08 11:49:42 (16 years ago)
Author:
baerbaer <baerbaer@…>
Branches:
master
Children:
fafe4d6
Parents:
2ebb8b6
Message:

Reformatting comments and continuation marks.

Fortran 90 and higher use ! to mark comments no matter where they are in the
code. The only valid continuation marker is &.
I also added the SMMP.kdevelop.filelist to the repository to make it easier
to use kdevelop.

git-svn-id: ​svn+ssh://svn.berlios.de/svnroot/repos/smmp/trunk@12 26dc1dd8-5c4e-0410-9ffe-d298b4865968

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • eyabgn.f

    r2ebb8b6 rbd2278d  
    1 c *********************************************************************
    2 c This file contains eyrccr, init_abgn, eyentr, eyabgn
    3 c
    4 c Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
    5 c                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
    6 c
    7 c Corrections to ECEPP energy terms due to R. A. Abagyan et al.
    8 c
    9 c Two terms are calculated: eyrccr and eyentr, representing respectively
    10 c c a term to slightly shift the backbone dihedral angle preferences in
    11 c the ECEPP potential slightly away from the helix region, and another
    12 c term to estimate the side-chain entropy from a given configuration.
    13 c
    14 c
    15 c *********************************************************************
     1! *********************************************************************
     2! This file contains eyrccr, init_abgn, eyentr, eyabgn
     3!
     4! Copyright 2007       Frank Eisenmenger, U.H.E. Hansmann,
     5!                      Jan H. Meinke, Sandipan Mohanty
     6!
     7! Corrections to ECEPP energy terms due to R. A. Abagyan et al.
     8!
     9! Two terms are calculated: eyrccr and eyentr, representing respectively
     10! c a term to slightly shift the backbone dihedral angle preferences in
     11! the ECEPP potential slightly away from the helix region, and another
     12! term to estimate the side-chain entropy from a given configuration.
     13!
     14!
     15! *********************************************************************
    1616      real*8 function eyrccr(nml)
    1717      include 'INCL.H'
    … …  
    2929      endif
    3030      et=0.0
    31 c      print *,'***********'
     31!      print *,'***********'
    3232      do i=istres,indres
    3333         mynm=seq(i)
    3434         call tolost(mynm)
    3535         if ((mynm.eq.'val').or.(mynm.eq.'ile').or.
    36      #           (mynm.eq.'thr')) then
     36     &           (mynm.eq.'thr')) then
    3737            rsscl=1.0
    3838         else
    … …  
    4040         endif
    4141         et=et+rsscl*(1.0-sin(vlvr(ipsi(i))))
    42 c         print *,'  contribution = ',rsscl*(1.0-sin(vlvr(ipsi(i))))
    43 c         print *,'obtained using scale ',rsscl,' and angle ',
    44 c     #        vlvr(ipsi(i))
     42!         print *,'  contribution = ',rsscl*(1.0-sin(vlvr(ipsi(i))))
     43!         print *,'obtained using scale ',rsscl,' and angle ',
     44!     #        vlvr(ipsi(i))
    4545      enddo
    46 c      print *,'abagyan dihedral term = ',et
    47 c      print *,'***********'
     46!      print *,'abagyan dihedral term = ',et
     47!      print *,'***********'
    4848      eyrccr=et
    4949      return
    … …  
    5656      dimension xarea(nrsty),estrg(nrsty)
    5757      character mynm*4
    58 c      print *,'Initialization of Abagyan entropic term'
    59 c     Maximum accessible surface areas for different residue types
     58!      print *,'Initialization of Abagyan entropic term'
     59!     Maximum accessible surface areas for different residue types
    6060      data (xarea(i),i=1,nrsty)/
    61 c             1         2         3         4         5
    62      #     117.417 , 244.686 , 245.582 , 146.467 , 144.485 ,
    63 c             6         7         8         9        10
    64      #     144.192 , 142.805 , 147.568 , 183.103 , 177.094 ,
    65 c            11       12        13        14        15
    66      #     186.293 , 83.782 , 187.864 , 187.864 , 187.864 ,
    67 c            16       17        18        19        20
    68      #     187.864 , 160.887 , 161.741 , 184.644 , 179.334 ,
    69 c            21       22        23        24        25
    70      #     209.276 , 209.276 , 203.148 , 208.902 , 153.124 ,
    71 c            26       27        28        29        30
    72      #     153.973 , 153.037 , 158.695 , 157.504 , 157.504 ,
    73 c            31       32        33        34        35
    74      #     119.786 , 146.488 , 238.641 , 223.299 , 160.283 /
    75 c     Entropic contribution for maximally exposed residue
     61!             1         2         3         4         5
     62     &     117.417 , 244.686 , 245.582 , 146.467 , 144.485 ,
     63!             6         7         8         9        10
     64     &     144.192 , 142.805 , 147.568 , 183.103 , 177.094 ,
     65!            11       12        13        14        15
     66     &     186.293 , 83.782 , 187.864 , 187.864 , 187.864 ,
     67!            16       17        18        19        20
     68     &     187.864 , 160.887 , 161.741 , 184.644 , 179.334 ,
     69!            21       22        23        24        25
     70     &     209.276 , 209.276 , 203.148 , 208.902 , 153.124 ,
     71!            26       27        28        29        30
     72     &     153.973 , 153.037 , 158.695 , 157.504 , 157.504 ,
     73!            31       32        33        34        35
     74     &     119.786 , 146.488 , 238.641 , 223.299 , 160.283 /
     75!     Entropic contribution for maximally exposed residue
    7676      data (estrg(i),i=1,nrsty)/
    77 c             1ala      2arg      3arg+     4asn      5asp
    78      #       0.0   ,   2.13  ,   2.13  ,   0.81  ,   0.61  ,
    79 c             6asp-     7cys      8cyss     9gln     10glu
    80      #       0.61  ,   1.14  ,   1.14  ,   2.02  ,   1.65  ,
    81 c            11glu-   12gly     13his     14hise    15hisd
    82      #       1.65  ,  0.0    ,   0.99  ,   0.99  ,   0.99  ,
    83 c            16his+   17hyp     18hypu    19ile     20leu
    84      #       0.99  ,   0.99  ,   0.99  ,  0.75   ,   0.75  ,
    85 c            21lys    22lys+     23met     24phe     25cpro
    86      #       2.21  ,   2.21  ,   1.53  ,   0.58  ,   0.0   ,
    87 c            26pro     27cpru    28prou    29pron    30pro+
    88      #       0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,
    89 c            31ser     32thr     33trp     34tyr     35val
    90      #       1.19  ,   1.12  ,   0.97  ,   0.99  ,   0.50  /
     77!             1ala      2arg      3arg+     4asn      5asp
     78     &       0.0   ,   2.13  ,   2.13  ,   0.81  ,   0.61  ,
     79!             6asp-     7cys      8cyss     9gln     10glu
     80     &       0.61  ,   1.14  ,   1.14  ,   2.02  ,   1.65  ,
     81!            11glu-   12gly     13his     14hise    15hisd
     82     &       1.65  ,  0.0    ,   0.99  ,   0.99  ,   0.99  ,
     83!            16his+   17hyp     18hypu    19ile     20leu
     84     &       0.99  ,   0.99  ,   0.99  ,  0.75   ,   0.75  ,
     85!            21lys    22lys+     23met     24phe     25cpro
     86     &       2.21  ,   2.21  ,   1.53  ,   0.58  ,   0.0   ,
     87!            26pro     27cpru    28prou    29pron    30pro+
     88     &       0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,   0.0   ,
     89!            31ser     32thr     33trp     34tyr     35val
     90     &       1.19  ,   1.12  ,   0.97  ,   0.99  ,   0.50  /
    9191      do i=1,mxrs
    9292         rsstrg(i)=0.0
    … …  
    100100         do j=1,nrsty
    101101            if (rsnmcd(j).eq.mynm) imytyp=j
    102 c            print *,'comparing ',mynm,' with ',rsnmcd(j),imytyp
     102!            print *,'comparing ',mynm,' with ',rsnmcd(j),imytyp
    103103         enddo
    104104         if (imytyp.eq.0) then
    … …  
    109109            rsstrg(i)=estrg(imytyp)/xarea(imytyp)
    110110         endif
    111 c         print *,'residue ',i,seq(i),' type ',imytyp
    112 c         print *, 'strength for residue ',i,seq(i),' is ',rsstrg(i)
     111!         print *,'residue ',i,seq(i),' type ',imytyp
     112!         print *, 'strength for residue ',i,seq(i),' is ',rsstrg(i)
    113113      enddo
    114114      print *, 'initialized Abagyan corrections to ECEPP force field'
    … …  
    129129         indres=irsml2(nml)
    130130      endif
    131 c      print *,'residue range ',istres,indres
    132 c      print *,'for molecule ',nml
     131!      print *,'residue range ',istres,indres
     132!      print *,'for molecule ',nml
    133133      do i=istres, indres
    134134         aars=surfres(i)
    135135         strh=rsstrg(i)
    136 c        The maximal burial entropies were estimated at temperature 300k
    137 c        The values in the array estrg are k_B * T (=300k) * Entropy
    138 c        Presently we need it at temperature 1/beta, so we need to
    139 c        multiply the strengths in estrg with (1/beta)/(300 kelvin)
    140 c        300 kelvin is approximately 0.59576607 kcal/mol.
     136!        The maximal burial entropies were estimated at temperature 300k
     137!        The values in the array estrg are k_B * T (=300k) * Entropy
     138!        Presently we need it at temperature 1/beta, so we need to
     139!        multiply the strengths in estrg with (1/beta)/(300 kelvin)
     140!        300 kelvin is approximately 0.59576607 kcal/mol.
    141141         eentr=eentr+aars*strh/(0.59576607*beta)
    142 c         print *,'contribution = ',aars*strh/(0.59576607*beta)
    143 c         print *,'residue, exposed area = ',i,aars
    144 c         print *,'strength = ',strh,' for residue index = ',i
    145 c         print *,'beta = ',beta
     142!         print *,'contribution = ',aars*strh/(0.59576607*beta)
     143!         print *,'residue, exposed area = ',i,aars
     144!         print *,'strength = ',strh,' for residue index = ',i
     145!         print *,'beta = ',beta
    146146      enddo
    147 c      print *,'abagyan entropic term = ',eentr
     147!      print *,'abagyan entropic term = ',eentr
    148148      eyentr=eentr
    149149      return
    … …  
    153153      include 'INCL.H'
    154154      eyabgn=eyrccr(nml)+eyentr(nml)
    155 c      print *,'Abagyan term = ',eyabgn
     155!      print *,'Abagyan term = ',eyabgn
    156156      return
    157157      end
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.