Changeset ba939c7


Ignore:
Timestamp:
09/24/08 18:48:41 (16 years ago)
Author:
sandipan <sandipan@…>
Branches:
master
Children:
0f06b4a
Parents:
4fd4338
Message:

Fixing omega when structure is read from a PDB file

For Lund force field, the fixing of the omega angle did not
work when a structure was read in from a PDB file. This is now
fixed.

Also, fake nh2g, nh2 and cooh groups were added to lib.lun so
that no matter what is requested, if lib.lun is used, the
end groups are charged.

git-svn-id: ​svn+ssh://svn.berlios.de/svnroot/repos/smmp/trunk@19 26dc1dd8-5c4e-0410-9ffe-d298b4865968

Files:
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • SMMP/lib.lun

    r4fd4338 rba939c7  
    357357h2             1.0           109.47          -60.     .044    1   3   0   0   0
    358358h3             1.0           109.47           60.     .044    1   3   0   0   0
    359 #nh2    3   1
    360 n              1.330         116.600  3*psi  180.    -.332   14   0   2   3   0
    361 h1             1.            112.     6*phi  180.     .076    4   1   0   0   0
    362 h2             1.            112.            -60.     .076    4   1   0   0   0
     359#nh2    4   1
     360n              1.330         116.600  3*psi  180.    -.242   13   0   2   3   4
     361h1             1.            109.47   7*phi  180.     .354    3   1   0   0   0
     362h2             1.            109.47           60.     .354    3   1   0   0   0
     363h3             1.            109.47          -60.     .354    3   1   0   0   0
    363364#nh3+   4   1
     365n              1.330         116.600  3*psi  180.    -.242   13   0   2   3   4
     366h1             1.            109.47   7*phi  180.     .354    3   1   0   0   0
     367h2             1.            109.47           60.     .354    3   1   0   0   0
     368h3             1.            109.47          -60.     .354    3   1   0   0   0
     369#nh2g   4   1
    364370n              1.330         116.600  3*psi  180.    -.242   13   0   2   3   4
    365371h1             1.            109.47   7*phi  180.     .354    3   1   0   0   0
    … …  
    371377h2             1.            109.47           60.     .354    3   1   0   0   0
    372378h3             1.            109.47          -60.     .354    3   1   0   0   0
    373 #cooh   4   1
    374 c              1.520         111.000  2*phi  180.     .517    8   0  -2   3   0
    375 o              1.230         121.700           0.    -.351   11  -1   0   0   0
    376 oxt            1.230         121.700  9*pst  180.    -.334   10   1   4   0   0
    377 hxt            1.            110.    16*omt  180.     .235    5   3   0   0   0
     379#cooh   3   1
     380c              1.520         111.000  2*phi  180.     .395    8   0  -2  -3   0
     381o              1.230         121.700           0.    -.664   12  -1   0   0   0
     382oxt            1.230         121.700 10*pst  180.    -.664   12  -1   0   0   0
    378383#coo-   3   1
    379384c              1.520         111.000  2*phi  180.     .395    8   0  -2  -3   0

  • init_molecule.f

    r4fd4338 rba939c7  
    105105 2       write(*,*) ' '
    106106         
     107         ireg = 0
     108         
     109      else                      ! =========================== from PDB
     110         if (iendst(seqfile).le.1) then
     111 3          write (*,'(/,a,$)') ' PDB-file:'
     112            seqfil=' '
     113            read (*,'(a)',err=3) seqfil
     114         else
     115            seqfil = seqfile
     116         endif
     117         write (*,*) 'PDB structure ',seqfil(1:iendst(seqfil))
     118         print *, 'calling readpdb with ',seqfile
     119         call pdbread(seqfil,ier)
     120         
     121         if (ier.ne.0) stop
     122         
     123         call pdbvars()
     124         
     125         ireg = 1
     126         
     127      endif
     128     
    107129! If Lund force field is in use, keep omega angles fixed
    108130      if (ientyp.eq.2) then
    109131         do iv=1,nvrml(ntlml)
    110             if (nmvr(iv).eq.'omg') then
     132            if ((nmvr(iv)(1:2).eq.'om')) then
     133                vlvr(iv)=pi
     134                toat(iatvr(iv))=pi
     135                fxvr(iv)=.true.
    111136                print *, 'Fixed variable ',iv,nmvr(iv),vlvr(iv)
    112                 fxvr(iv)=.true.
    113137            endif
    114138         enddo
    … …  
    118142         nvr = 0
    119143         do i=1,ivrml1(ntlml)+nvrml(ntlml)-1
    120            
     144
    121145            if (.not.fxvr(i)) then
    122146               nvr=nvr+1
    123147               idvr(nvr)=i      ! index of not fixed var.
    124148            endif
    125            
     149
    126150            it=ityvr(i)
    127            
     151
    128152            if (it.eq.3) then   ! torsion
    129153               vlvr(i)=toat(iatvr(i))
    … …  
    134158            endif
    135159
    136             olvlvr(i) = vlvr(i)
    137          enddo
    138          
    139          ireg = 0
    140          
    141       else                      ! =========================== from PDB
    142          if (iendst(seqfile).le.1) then
    143  3          write (*,'(/,a,$)') ' PDB-file:'
    144             seqfil=' '
    145             read (*,'(a)',err=3) seqfil
    146          else
    147             seqfil = seqfile
    148          endif
    149          write (*,*) 'PDB structure ',seqfil(1:iendst(seqfil))
    150          print *, 'calling readpdb with ',seqfile
    151          call pdbread(seqfil,ier)
    152          
    153          if (ier.ne.0) stop
    154          
    155          call pdbvars()
    156          
    157          ireg = 1
    158          
    159       endif
    160      
     160            olvlvr(i) = vlvr(i)
     161         enddo
     162
    161163!     -------------------------- set var. amplitudes for simulations
    162164     
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.