Changeset cb47b9c


Ignore:
Timestamp:
11/19/09 11:29:16 (14 years ago)
Author:
baerbaer <baerbaer@…>
Branches:
master
Children:
2d5d396
Parents:
ffd2d46
Message:

Explicitly declare variables.

All variables should be declared so that we can remove the implicit statements
from the beginning of the INCL.H file.

git-svn-id: ​svn+ssh://svn.berlios.de/svnroot/repos/smmp/trunk@25 26dc1dd8-5c4e-0410-9ffe-d298b4865968

Files:
20 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • addend.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2828      character res*4,rpat*4,sbrs*4,grn*4,grc*4
    2929
     30      integer nml
     31     
     32      integer i, ifirs, ilars
     33     
     34      double precision cg
    3035
    3136      grn = grpn
    … …  
    170175      character rpat*4,sbrs*4
    171176      logical ntbb,bb
     177      integer nml, nrs, ibd, iybd
    172178
    173179      dimension ibd(mxbd+1),iybd(mxbd+1)
    174 
    175 
     180     
     181      integer iopfil, iendst
     182     
     183      double precision valang, dihedr
     184
     185      integer ish, i, i1, irng1, irng2, ilavr, ilaat, i2, i3, ibdrg,
     186     &        ib, iat, ifirs, ifivr, ii, iow, isgbb1, ity, nfi, ilars,
     187     &        ivrrp, ivrsb, jsh, j, iybdrg, k, lvrrp, nb, natsb, nla,
     188     &        nfirp, nxt, nsb, nlarp, nfisb, nlasb, nrp, nsh,
     189     &        nvrsb, nxtbb1, nxtbb2, nxtsb
     190      double precision ba, ca, ct, dx, dz, h3, h2, sa, st,to, x1, x2,
     191     &        x3, y1, y2, y3, z1, z2, z3
     192     
    176193      ifirs=irsml1(nml)
    177194      ilars=irsml2(nml)
    … …  
    638655
    639656      character rpat*4,sbrs*4,atnm*4,res*4,cgty*5,line*100
     657      integer nml, nrs
     658
     659      integer iopfil, iendst
     660
     661      integer ifirs, ilars, ifvr, ilib, i, l, j, nchg
    640662
    641663      ifirs=irsml1(nml)

  • bgs.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    88! ****************************************************************
    99
    10 ! Subroutine initlund: Initializes data structures used frequently
    11 ! in connection with Biased Gaussian Steps and the energy functions
    12 ! from Anders Irback's protein folding model. Calls: none.
    13 !
    14       subroutine init_lund
    15       include 'INCL.H'
    16       include 'incl_lund.h'
    17       logical bgsposs
    18       do i=1,mxrs
    19          iN(i)=-1
    20          iCa(i)=-1
    21          iC(i)=-1
    22          iphi(i)=-34
    23          ipsi(i)=-35
    24       enddo
    25 !      print *,'total number of variables = ',nvr
    26 
    27       do i=1,ntlml
    28          npprs=1
    29          do j=ivrml1(i),ivrml1(i)+nvrml(i)-1
    30             mlvr(j)=i
    31             if (nmvr(j).eq.'phi') then
    32                iphi(npprs)=j
    33 ! Now if the residue is a proline, there is no phi angle in the variable
    34 ! list in SMMP, and so iphi(j) will remain at the initial value.
    35 ! So, make sure you never use iphi(i) for proline.
    36             endif
    37             if (nmvr(j).eq.'psi'.or.nmvr(j).eq.'pst') then
    38                ipsi(npprs)=j
    39                npprs=npprs+1
    40             endif
    41          enddo
    42          do j=irsml1(i),irsml2(i)
    43             iN(j)=iatrs1(j)
    44             do k=iatrs1(j),iatrs2(j)
    45                if (nmat(k)(1:2).eq.'ca') then
    46                   iCa(j)=k
    47                endif
    48                if (nmat(k)(1:1).eq.'c') then
    49                   iC(j)=k
    50                endif
    51             enddo
    52 !            print *,'determined phi,psi serial for residue',j,' as '
    53 !     #           ,iphi(j),ipsi(j)
    54          enddo
    55       enddo
    56       abgs=300.0
    57       bbgs=10.0
    58       bgsnvar=0
    59       do i=1,nvr
    60          if (bgsposs(i)) then
    61             bgsnvar=bgsnvar+1
    62             bgsvar(bgsnvar)=i
    63          endif
    64       enddo
    65       end
    6610
    6711! Checks if it is possible to perform a BGS update starting at the

  • bldmol.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2929
    3030      include 'INCL.H'
    31 
     31      ! Subroutine arguments
     32      integer nml
     33     
     34      integer i, i1, i2, i3, ifirs, jow, j, jj
     35      double precision x1, x2, x3, y1, y2, y3, z1, z2, z3
     36     
     37      double precision xg, zg
    3238      dimension xg(3),zg(3)
    3339
    … …  
    97103 
    98104      include 'INCL.H'
    99 
     105! arguments     
     106      integer nml, i1, i2, i3
     107     
     108      integer ibd, i, irs, ix
    100109      dimension ibd(4)
    101110      logical bb
    … …  
    178187
    179188      include 'INCL.H'
    180 
     189!     arguments
     190      integer i, ia
     191      double precision ct, st, ca, sa, bl, x1, x2, x3, z1, z2, z3
     192      double precision y1, y2, y3, h2, h3, dx, dz
     193     
    181194      ct=cstoat(i)
    182195      st=sntoat(i)
    … …  
    249262
    250263      include 'INCL.H'
    251 
     264!     arguments
     265      integer i1, i2, i3
     266      double precision x1, x2, x3, y1, y2, y3, z1, z2, z3, h1, h2, h3
     267      double precision dz, dx
     268     
    252269      h1=xat(i2)
    253270      h2=yat(i2)
    … …  
    308325
    309326      include 'INCL.H'
    310      
     327!     arguments
     328      integer nml, i1, i2, i3
     329      double precision xg, zg, ag
    311330      dimension xg(3),zg(3),ag(3,3)
    312331
     332      integer i
     333      double precision ca, sa, cb,sb, cg, sg, d, ct2, ct3, dx, dz
     334      double precision x1, x2, x3, y1, y2, y3, z1, z2, z3, st2, sa2, st3
    313335
    314336      ca = cos(gbpr(4,nml))  ! alpha

  • canon.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    4040      integer nmes
    4141!     temp:  Temperature of simulation
    42       double precision temp
     42      double precision temp, e_min
    4343!
    4444!      common/bet/beta
    … …  
    6363
    6464      eol = energy()
     65      e_min = eol
    6566      write (*,'(a,e12.5,/)')  'energy of start configuration:',eol
    6667
    … …  
    7980      do nsw=0,nswp
    8081        call metropolis(eol,acz,can_weight)
     82        if (eol.lt.e_min) then
     83           write (*,*) "New minimum energy:", eol, "t=", nsw
     84           write (*,*) eyel,eyhb,eyvr,eysl
     85           e_min = eol
     86           call outpdb(0, "minen.pdb")
     87        endif
    8188!
    8289        if(mod(nsw,nmes).eq.0) then
    … …  
    96103        end do
    97104! Write down information on actual conformation
    98          write(13,'(i5,2f12.3,5i7)')  nsw,  eol, rgy,
    99      &                              nhel,mhel,nbet,mbet,mhb
     105         write(13,'(i7,2f15.3,5i7,4f15.3)')  nsw,  eol, rgy,
     106     &                              nhel,mhel,nbet,mbet,mhb,
     107     &                              eyel,eyhb,eyvr,eysl
    100108        end if
    101109!

  • dihedr.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2222
    2323      include 'INCL.H'
     24     
     25      integer i1, i2, i3, i4
     26     
     27      double precision x1, y1, z1, x2, y2, z2, ux1,uy1, uz1, a, u, u1,
     28     &                 u2, ux2, uy2, uz2
    2429
    2530      x1=xat(i2)-xat(i1)
    … …  
    7782
    7883      include 'INCL.H'
     84     
     85      integer i1, i2, i3
     86     
     87      double precision h1, h2, h3, x1, x2, x3, y1, y2, y3, x, y, u, a
     88     
    7989      h1=xat(i2)
    8090      h2=yat(i2)

  • enyflx.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2222
    2323      include 'INCL.H'
     24     
     25      integer nml
     26     
     27      integer ntlvr, i, i14, i1, i1s, i2, i2s, ia, ic, ijhb, ifivr,
     28     &        ims, io, iowh, it, jowh, ity, iv, ivw, j, jty
     29      double precision cqi, cth, qp, e0, evw, vr, ep, rij, py, px, pz,
     30     &                 rij2, rij6, rij12, sr, xij, xi, yij, xj, yj, yi,
     31     &                 zj, zi, zij
    2432
    2533      ntlvr=nvrml(nml)

  • enysol.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2525! -------------------------------------------------------------
    2626! TODO: Check the solvent energy for multiple molecules     
     27!     arguments
     28      integer nmol
     29     
     30!     functions
     31      integer nursat
     32
     33      integer numbox, inbox, indsort, look, i, ii, ia, ib, ibox, icount
     34      integer ilk, il, ik, ix, iy, iz, j, jy, jbox, jbi, jres, jj, jcnt
     35      integer jtk, jx, jz, lbn, lst, mhx, mx, nsy, ndy, mz, my, nboxj
     36      integer ndx, ncbox, nbt, nez, ndz, nex, ney, nlow, nhx, nnei
     37      integer nrshi, nqxy, nrslow, mbt, nsx, nsz, numat, nup
     38      double precision xyz, radb, radb2, ymin, diamax, area, akrad
     39      double precision avr_x, avr_y, avr_z, dd, dr, dx, dy, dz, sizex
     40      double precision rmax, shiftx, shifty, shiftz, sizey, sizez
     41      double precision sizes, trad, zmin, xmax, xmin, ymax, zmax
     42      double precision sdr, sdd, volume
     43     
    2744      dimension numbox(mxat),inbox(mxbox+1),indsort(mxat),look(mxat)
    2845      dimension xyz(mxinbox,3),radb(mxinbox),radb2(mxinbox)
    … …  
    323340      include 'INCL.H'
    324341      character lin*80
    325 
     342      integer i
    326343!    Skipping comment lines, which begin with '!' 
    327344      read(20,'(a)') lin

  • getmol.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    3838
    3939      include 'INCL.H'
    40 
     40!     arguments
     41      integer nml
     42!     functions     
     43      integer iopfil, iendst
     44     
     45      integer i, iat, iow, ifirs, ibd, ilars, j, mvr, nbd, n, nbd1, nj
     46      integer nh, nrs, ntlat, ntlvr, nat, nxt
     47      double precision ba, t, to
    4148      character res*4
    4249
    … …  
    270277
    271278      include 'INCL.H'
    272 
     279!     arguments
     280      integer nat, nxt, nvrr
     281     
     282!     functions
     283      integer iendst
     284     
     285      integer icl, ibd, ib3, i, ib1, ib2, ic, iow, iexcp, ity, jow, lg
     286      integer nln, j
    273287      dimension icl(3),ibd(mxbd)
    274288      character blnk,fix(3),nm(3)*3,res*4,resl*4,line*132
    275289      data blnk/' '/
    276290
     291      double precision ba, to
    277292
    278293      nln=0

  • incl_lund.h

    rffd2d46 rcb47b9c  
    3131      dimension asaexv(mxtyat,mxtyat),bsaexv(mxtyat,mxtyat)
    3232
    33       common /lundff/kbias,
    34      &     epshb1,epshb2,powa,powb,sighb,cthb,
    35      &     cthb2,
    36      &     alhb,blhb,sighb2,cdon,cacc,casc,
    37      &     ihpat,nhpat,hpstrg,
    38      &     exvk,exvcut,exvcut2,
    39      &     matcon,
    40      &     sigsa,sig2lcp,asalcp,bsalcp,
    41      &     lcp1,lcp2,ilpst,ilpnd,
    42      &     exvlam,exvcutg,exvcutg2,
    43      &     sig2exv,asaexv,bsaexv
     33      common /lundff/kbias,                                             &
     34     &     epshb1,epshb2,powa,powb,sighb,cthb,                          &
     35     &     cthb2,                                                       &
     36     &     alhb,blhb,sighb2,cdon,cacc,casc,                             &
     37     &     ihpat,nhpat,hpstrg,                                          &
     38     &     exvk,exvcut,exvcut2,                                         &
     39     &     matcon,                                                      &
     40     &     sigsa,sig2lcp,asalcp,bsalcp,                                 &
     41     &     lcp1,lcp2,ilpst,ilpnd,                                       &
     42     &     exvlam,exvcutg,exvcutg2,                                     &
     43     &     sig2exv,asaexv,bsaexv 
    4444      save /lundff/

  • init_molecule.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    3232      include 'INCP.H'
    3333
    34 !f2py character*80 optional, intent(in) :: seqfile = ' '
    35 !f2py character*80 optional, intent(in) :: varfile = ' '
     34Cf2py character*80 optional, intent(in) :: seqfile = ' '
     35Cf2py character*80 optional, intent(in) :: varfile = ' '
    3636     
    3737      character grpn*4,grpc*4

  • main.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2525      character grpn*4,grpc*4
    2626      logical lrand,bgsposs
     27      integer argc, status, argv_length
     28      character(len=255) :: argv
    2729
    2830! =================================================== Energy setup
    … …  
    3234!     libraries of residues.
    3335      libdir='./SMMP/'
     36     
     37!     Set the maximum log level. The larger the number the more detailed
     38!     the log.
     39      MAXLOGLEVEL = 1
     40!     File unit to use for the log file.
     41      LOGFILEUNIT = 27
     42      open(LOGFILEUNIT, file="smmp.log")
    3443
    3544!      The switch in the following line is now not used.
    … …  
    6271                 ! =1: ab Initio from sequence (& variables)
    6372      seqfile='EXAMPLES/enkefa.seq'
    64       varfile='EXAMPLES/enkefa.var'
     73      varfile='EXAMPLES/enkefa.ann'
    6574!       varfile = ' '
    6675     
    … …  
    95104      eps = 1.0d-7 ! requested precision
    96105      call minim(imin, maxit, eps)
     106      call outvar(0, ' ')
    97107!     To do a canonical Monte Carlo simulation uncomment the lines below
    98108!       nequi = 100

  • mklist.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    1919! TODO: Calculate van-der-Waals regions over all molecules.
    2020      include 'INCL.H'
    21 
     21      integer nml
     22
     23      integer mxh, mx2, l1st1, l1st2, l2nd1, l2nd2, l1i, l2i
    2224      parameter (mxh=50,         ! max. # of atom regions
    2325     &           mx2=50)
    … …  
    2729      dimension l1st1(mxh),l1st2(mxh),l2nd1(mxh),l2nd2(mxh)
    2830     &         ,l1i(mxbd),l2i(mx2)
     31
     32      integer ia, i, i1s, i2s, ibd, ib, ifivr, ifiat, ilaat, im, ilavr,
     33     &        iob, io, ioiob, iow, it, is, iv, jbd, j, n1i, n14, n1st,
     34     &        n2nd, n2i, ntlms, nvw
    2935
    3036! _______________________ indices of 1st vdw-region/14-partner for 'nml'

  • mulcan_par_mod.f90

    rffd2d46 rcb47b9c  
    239239! File with contact map of reference configuration
    240240! FIXME: This must go. Reference structure needs to be read in main()
    241       open(9,file='enkefa.ref')
     241      open(9,file='1vp.ref')
    242242! File with multicanonical parameter
    243243      open(10,file='muca.d')

  • redseq.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2828      include 'INCL.H'
    2929
     30      ! Function definitions
     31      integer iofil, iendst, ibegst, iopfil
     32
    3033      character blnk,res*4,line*132,hlin*132
     34      integer i, i1, i2, ifirs, ie, id, ib, ic, ii, l, lg, nln, nrs
    3135      data blnk/' '/
    3236

  • redstr.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2626! CALLS: ibegst,iendst
    2727! ..........................................................
    28 
    29       implicit integer*4 (i-n)
    30 
     28      integer ib, ie, l
    3129      character spr,blnk,str*(*),strn*(*)
     30     
    3231      data blnk/' '/
     32     
     33      integer i, ic, ish, ii
    3334
    3435      if (spr.eq.blnk) then
    … …  
    234235
    235236      character*(*) str
    236 
     237     
     238      integer ibegst, iendst
     239     
     240      integer i, ic, ii, ish
    237241      ii=ibegst(str)
    238242      if (ii.gt.0) then
    … …  
    258262
    259263      character str*(*)
     264     
     265      integer iendst, ibegst
     266     
     267      integer i, ii, ic, ish
    260268
    261269      ii=ibegst(str)
    … …  
    283291! ........................................................
    284292
    285       implicit integer*4 (i-n)
     293      integer lun
    286294
    287295      logical exs

  • redvar.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    7070      include 'INCL.H'
    7171
     72!     functions
     73      integer iopfil, iendst, iredin, iredrl, ibegst
    7274! maxfld: max. # of fields in one command
    7375! maxide: max. # of identifiers in a field
    … …  
    7577! ilrg:   a large integer
    7678
     79      integer maxfld, maxide, maxcmd, ilrg, ifdend, icb, i, ib, ibz
     80      integer ife, ifb, ide, id, ice, ie, ieh, ieh1, iez, ihz, ifx, ifld
     81      integer ile, ii, ihy, ilb, iml, it, in ,io, inum, kbz, iv, ity, jb
     82      integer j, k, l, kez, kk, kv, lez, lbz,ll, ll1, ll2, n, nfi, ncmd
     83      integer nfld, nide, nml, ntlvr
     84      double precision vlvrx, rn, vr, val
    7785      parameter (maxfld=4,
    7886     &           maxide=30,

  • regul.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    4444     &  '   Wt(energy) = ',wtey,'  Wt(regul.) = ',wtrg
    4545
    46       call minim(1, nsteps, acc)
     46      call minim(2, nsteps, acc)
    4747
    4848      write(*,*) ' '

  • setmvs.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    4747
    4848      include 'INCL.H'
     49!     ID of molecule
     50      integer nml
     51
     52      integer nursvr
    4953
    5054      logical bb
    51 
     55      integer mxh, lvw1h, lvw2h, l1h, l2h
    5256      parameter (mxh=10)
    5357      dimension lvw1h(mxh),lvw2h(mxh),l1h(mxh),l2h(mxh)
    5458
     59      integer ifivr, i, i1, ia, ib, ic, ifirs, ifiat, ko, ilaat, ii,
     60     &        ilars, ilavr, io, ir, irg1, is, it, iv, j, k, j1, jns,
     61     &        j2, j1s, ja, jb, jv, jo, l, i2, irg2, n, nad, nms,
     62     &        ntlvr
    5563
    5664      ntlvr=nvrml(nml)
    … …  
    418426      include 'INCL.H'
    419427
     428      integer nml, nrs, ifirg, ilarg, irg1, irg2
     429                 
    420430      logical bb
     431      integer ibd
    421432      dimension ibd(4)
    422433
     434      integer i, ib, ila, ifi, il, ixt, k, j, jb           
     435                 
    423436      ilarg=ifirg
    424437

  • setvar.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    2323
    2424      include 'INCL.H'
     25Cf2py intent(in) nml, vlvrx
     26      integer nml
     27      double precision vlvrx
     28      dimension vlvrx(mxvr)
     29     
     30!     functions
     31      double precision difang
    2532
    26       dimension vlvrx(mxvr)
     33      integer i, iat,ity, iow, j, jat, i1vr
     34      double precision ba, to, tsh
     35     
    2736
    2837      i1vr=ivrml1(nml)

  • utilities.f

    rffd2d46 rcb47b9c  
    168168!     End fileNameMP
    169169
     170
     171!----------------------------------------------------------------------
     172!     Add messages to log. This routine takes the log (debugging) mes-
     173!     sages and writes them to the log file if the log level is less or
     174!     equal to the maximum log level given by the global variable
     175!     MAXLOGLEVEL.
     176!
     177!     @author Jan H. Meinke
     178!
     179!     @param loglevel level at which this message should be added to
     180!            the log.
     181!     @param message message to be written to the log.
     182!     @param rank global rank of this node if running an MPI job zero
     183!            otherwise.
     184!----------------------------------------------------------------------
     185      subroutine addLogMessage(loglevel, message, rank)
     186     
     187         integer :: loglevel, rank
     188         character(LEN=*) :: message
     189         
     190         if (loglevel <= MAXLOGLEVEL) then
     191            write(LOGFILEUNIT, *) message
     192         end if
     193         
     194      end subroutine addLogMessage
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.